Fernando Krahn inició la carrera de Derecho pero la abandonó para dedicarse a la escenografía y la fotografía. En 1962 se trasladó a Nueva York, donde debutó como humorista gráfico en la prensa estadounidense en revistas como Esquirre, Horizon, Atlantic Monthly, The New Yorker o The Reporter. Allí conoció a su mujer y pareja artística, la escritora Maria de la Luz Uribe, con quien realizó muchos libros ilustrados para niños. En 1968 regresó de los Estados Unidos para instalarse de nuevo en Chile, donde colaboró en la revista Ercilla y creó la serie Dramagrama en blanco y negro.
El golpe de estado de Pinochet del 11 de septiembre de 1973 obligó a la pareja a huir del país, exiliándose en España y estableciéndose en Sitges, desde donde comenzó a dibujar para la prensa europea en revistas como Stern, Die Zeit, La Repubblica, Transatlantik, Nebelspalter, Tages Anzeiger o De Telegraaf, con las series Cranologien y Dramatische Episodien. En España colaboró con las revistas Triunfo, Por Favor y Muy interesante y con el diario El País, aunque su relación más duradera comenzó en 1983 con el diario La Vanguardia, donde publicó más de un millar de episodios de su serie Dramagrama a color. También en ese medio mantuvo una constante colaboración en las páginas de opinión, además de para las secciones de Cultura, Libros y el suplemento Ciencia y Tecnología. Es digno de mencionar también su aporte para la revista TBO de Ediciones B, ya que allí publicó (junto a su esposa) dieciocho páginas de ¡Romance del fiero Ugaldo... que a todos los pone a caldo!, que quedó inconcluso pero que más tarde se publicaría completo como libro con el título de El fiero Ugaldo.
Entre sus monográficos destacan Látigo de cien colas (1988), Dramagrama (1993), El año que vivimos olímpicamente (1993), Nosotros que nos quisismos tanto (2004), Bichografias (2010) y El señor Top (2011).
También mostró interés por la animación: en 1976 estrenó su primer cortometraje animado, El crimen perfecto, mención especial en el Festival de Cine Fantástico de Sitges y en 1992 TV3 emitió su serie de 25 episodios de dibujos animados Dramagrama. Llegó a fundar el estudio de animación Krahnfactory.
También realizó numerosas exposiciones. Entre ellas destaca una muestra antológica en el Museo Nacional de Bellas Artes de Santiago de Chile en el año 1995. Recibió varios premios: el Apel·les Mestres en 1982 y el Austral de Literatura Infantil en 1986. En 2010 recibió a título póstumo el Premio Internacional de Humor Gat Perich. En 2014 la Universiad de Alcalá de Henares le dedicó una exposición retrospectiva titulada "El mundo ilustrado por Fernando Krahn".