Licenciada en Bellas Artes por la Universidad Politécnica de Valencia que empezó a colaborar en 1983 en fanzines como Trok de Bak y revistas como La Luna de Madrid y Madriz, aportando para ellas historietas en blanco y negro y de tintes expresionistas, aunque en lo sucesivo se dedicó fundamentalmente a la ilustración.
En 1995 apareció su primera portada en The New Yorker, a la que seguirían otras muchas. Ana Juan es la autora española que más portadas ha producido para esta revista.
Durante dos años consecutivos (1998 y 1999), obtuvo la Medalla de Oro en la categoría de ilustración de la Society of Newspaper Design.
En 2001 publicó sus libros ilustrados Amantes y Snowhite y desde entonces ha publicado muchos otros, como Comenoches, Frida, Demeter y Circus.
En 2010, el Ministerio de Cultura le concedió el Premio Nacional de Ilustración.