Hijo de Wolfgang Adam Toepffer, pintor aficionado de paisajes de origen alemán que le despertaría el gusto por los grabados de William Hogart, Rodolphe Töpffer era un ilustrado influenciado por Molière y los clásicos latinos, pero sobre todo fue un pedagogo seguidor de las ideas de Rousseau. Tras completar sus estudios en París, en 1823 se casó con Anne-Françoise Moulinié, con quien tuvo cuatro hijos, y en 1824 abrió un colegio en régimen de internado en Ginebra que gozó rápidamente de una excelente reputación y al que asistían alumnos procedentes de Europa y de los Estados Unidos.
Como escritor, obtuvo cierta reputación a partir de 1830 con varios ensayos, narraciones autobiográficas, relatos, novelas y libros de viajes ilustrados, pero donde destacó fue como caricaturista e historietista, siendo considerado el fundador del cómic moderno e influyendo a historietistas posteriores como Wilhelm Busch o Rudolph Dicks.
Comenzó a dibujar las que denominó histories en estampes para sus estudiantes (su primera obra fue Histoire de Mr. Vieux Bois, de 1827) aunque tardó en publicar sus historietas, preocupado por la presión social y su posición en la universidad ginebrina, teñida por el puritanismo calvinista. En 1832 obtuvo una cátedra de retórica, y en 1833 publicó al fin Histoire de Mr Jabot (obra de 1831) en formato de álbum apaisado, con una tira de viñetas por página y una o dos líneas de texto al pie, siendo elogiado por Goethe. Animado por la buena recepción, en años posteriores publicó otras 6 obras: Monsieur Crépin (1837), Les amours de M. Vieux-Bois (1837, versión completamente redibujada de Histoire de Mr. Vieux Bois), Monsieur Pencil (1840), Voyages et aventures du Docteur Festus (1840), Histoire D'Albert (1844) e Histoire de M. Cryptogramme (1845). Sus historietas tuvieron mucho éxito por toda Europa, tanto fue así que, ante la demanda existente y la escasa capacidad de reproducción, algunas imprentas decidieran realizar ediciones pirata redibujadas por otros artistas y litógrafos como el francés Cham o el inglés George Cruikshank. La copia que este último realizó de Les amours de M. Vieux Bois se publico en 1841 en Londres con el título de The Adventures of Obadiah Oldbuck y fue también publicada en 1842 en los Estados Unidos, llegando a considerarse el primer comic book de su historia.
Töppfer era plenamente conscience de las implicaciones de su trabajo y de estar construyendo un nuevo medio, y ya en el prefacio de Histoire de monsieur Jabot 1833) identificaba su naturaleza mixta en la interfrelación de imagen y texto. En 1845 publicó Essai de physiognomonie, ensayo sobre fisionomía que es considerado el primer estudio teórico sobre la historieta, siendo asi también pionero en el estudio de este nuevo medio.